Các khu vực tranh chấp giữa các nước đối với quần đảo Trường Sa (2009).

Có rất nhiều tranh cãi về lãnh hải trên vùng Biển Đông và các nguồn tài nguyên của nó. Bởi Luật biển năm 1982 của Liên Hiệp Quốc cho phép các nước có vùng đặc quyền kinh tế (EEZ) mở rộng 200 dặm biển (370.6 km) từ lãnh hải của mình, tất cả các nước quanh vùng biển có thể đưa ra tuyên bố chủ quyền với những phần rộng lớn của nó. Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa (Trung Quốc) đã tuyên bố chủ quyền hầu như toàn bộ vùng biển mặc dù các tuyên bố đều chưa được cộng đồng quốc tế công nhận. Những báo cáo gần đây cho thấy Trung Quốc đang phát triển một nhóm tàu sân bay để bảo vệ những đường vận chuyển nhiên liệu ở Biển Đông. Những vùng có nguy cơ tranh chấp gồm:

• Indonesia và Trung Quốc về vùng biển Đông Bắc quần đảo Natuna.
• Philippines và Trung Quốc về những khu khai thác khí gas Malampaya và Camago.
• Philippines và Trung Quốc về bãi cạn Scarborough.
• Việt Nam và Trung Quốc về vùng biển phía tây quần đảo Trường Sa. Một số hay toàn bộ quần đảo Trường Sa đang bị tranh chấp giữa Việt Nam, Trung Quốc, Trung Hoa Dân Quốc (Đài Loan), Philippines và một số nước khác.
• Trung Quốc đang quản lý toàn bộ quần đảo Hoàng Sa dù Việt Nam và Đài Loan cũng tuyên bố chủ quyền.
• Malaysia, Campuchia, Thái Lan và Việt Nam về những vùng ở vịnh Thái Lan.
• Singapore và Malaysia dọc theo Eo biển Johore và Eo biển Singapore.

Cả Trung Quốc và Việt Nam đều theo đuổi các tuyên bố chủ quyền một cách mạnh mẽ. Quần đảo Hoàng Sa đã bị Trung Quốc chiếm từ năm 1974 sau trận Hải chiến Hoàng Sa. Quần đảo Trường Sa là nơi đã xảy ra xung đột hải quân giữa Việt Nam và Trung Quốc vào tháng 3 năm 1988 (Hải chiến Trường Sa). Các nước tranh chấp thường xuyên thông báo về các vụ va chạm giữa các tàu hải quân.

ASEAN nói chung, và Trung Quốc nói riêng luôn muốn đảm bảo rằng những tranh chấp bên trong Biển Đông sẽ không leo thang trở thành xung đột quân sự.[cần dẫn nguồn] Vì vậy, các cơ cấu phát triển chung (Joint Development Authorities) đã được lập ra tại các vùng tranh chấp chồng lấn để cùng phát triển vùng và phân chia quyền lợi công bằng tuy nhiên không giải quyết vấn đề chủ quyền của vùng đó. Điều này đã trở thành sự thực, đặc biệt là ở Vịnh Thái Lan. Tuy nhiên, gần đây Trung Quốc đã tuyên bố sẽ không ngại dùng vũ lực để lấy quần đảo Trường Sa.[cần dẫn nguồn]

Những tuyên bố lãnh thổ chồng lấn ở Pulau Pedra Branca hay Pulau Batu Putih của cả Singapore và Malaysia đã được đưa ra Tòa án quốc tế. Tòa án đã phán quyết theo hướng có lợi cho Singapore.[cần dẫn nguồn]

Tại hội nghị hòa bình diễn ra tại San Fransico năm 1951 (Hiệp ước San Francisco), đại diện Quốc gia Việt Nam, Thủ tướng kiêm Bộ trưởng Ngoại giao Trần Văn Hữu, đã tuyên bố trước đại biểu của 51 quốc gia tham gia Hội nghị: "Cũng vì cần phải dứt khoát lợi dụng mọi cơ hội để dập tắt những mầm mống tranh chấp sau này, chúng tôi khẳng định chủ quyền của chúng tôi đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, những quần đảo này luôn luôn thuộc về Việt Nam", tuyên bố này không gặp phải sự bảo lưu hay phản đối nào của đại diện các quốc gia tham dự Hội nghị. Lúc đó Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và Trung Hoa Dân Quốc không tham dự.[18][19]

"Đường chín đoạn" của Trung Quốc

Tuyên bố Đường chín đoạn của Trung Quốc ở Biển Đông (màu đỏ) so với những khu đặc quyền kinh tế 200 hải lý cho mỗi quốc gia theo quy định của Công ước Liên Hiệp Quốc về Luật biển (màu xanh) bao gồm các đảo đang có tranh chấp (màu xanh lá cây).

Năm 1947, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc đưa ra yêu sách chủ quyền trên Biển Đông với đường lưỡi bò 11 đoạn, sau này chính phủ Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa sử dụng lại đường lưỡi bò này nhưng chỉ còn 9 đoạn. Đường lưỡi bò bao trọn bốn nhóm quần đảo, bãi ngầm lớn trên Biển Đông (biển Nam Trung Hoa) là quần đảo Hoàng Sa, quần đảo Trường Sa, quần đảo Đông Sa và bãi Macclesfield với khoảng 75% diện tích mặt nước của Biển Đông, chỉ chừa lại khoảng 25% cho tất cả các nước Philippines, Malaysia, Brunei, Indonesia và Việt Nam, tức mỗi nước được trung bình 5%.[20]